Свято-Троицкий монастырь был основан в устье реки Кола в 1540 году преподобным Феодоритом Кольским: – «…на устье Кола реки созидает монастырь», ставит «церковь во имя Пребезначальной Троицы и, собрав братию, дает им Устав». (А. Курбский).
В 1742 году монастырь был приписан к Соловецкой обители. В 1764 году, во исполнение Указа Екатерины II о секуляризации монастырских земель, монастырь был упразднен, его земли отошли местным крестьянам.
27 декабря 1995 года Указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II была учреждена Мурманская и Мончегорская епархия. Фактически в это же время было заложено основание будущего Подворья. Начиналось оно как Приход во имя иконы Божией Матери «Живоносный Источник», располагающийся в административном здании Мурманского рыбного порта, и действовало в качестве Представительства Трифоно-Печенгского мужского монастыря в Мурманске. В августе 2000 года Представительство монастыря зарегистрировало свой Устав и получило статус Подворья Трифоно-Печенгского мужского монастыря. С этого момента Подворье монастыря существовало самостоятельно.
23 июня 2014 года в связи с образованием Мурманской митрополии, подворье преобразуется в Архиерейское Феодоритовское подворье.
11 марта 2020 года определением Священного Синода Русской Православной Церкви на месте Архиерейского подворья был открыт Свято-Троицкий Феодоритов Кольский мужской монастырь г. Мурманска.
На 2022 год монастырь включает в себя три храма: основной – освящён в честь преподобного Феодорита Кольского, малый – в честь иконы Пресвятой Богородицы «Живоносный Источник» и надвратный – Свято-Троицкий.